Tool Runner周りの実装バグが複数修正。リリースノートで確認推奨

### 機能

* **api:** メッセージスレッド対応を追加

* **api:** ディメンション別の使用量・コストレポートを追加、既存レポートはレガシーとしてマーク

### バグ修正

* **client:** max_retries エラーメッセージで math.inf を提案しないように修正

* **tools:** append_messages() 後、ツールランナーの履歴を呼び出し元に委ねるよう修正。set_messages_params() コールバックから現在のリプライを除外

* **tools:** set_messages_params() がツール定義として tools を与える際、ツールランナーの関数ツール実行を継続。tools から削除された場合に実行停止

* **tools:** ツールランナーの set_messages_params() コールバックに、その tools を定義として再び提供するよう修正

* **tools:** set_messages_params() が betas、user_profile_id、workspace_id を省略した場合も、ツールランナーがこれらを保持するよう修正

### その他

* **deps:** dev lockfile の certifi を更新

* **docs:** プラグインコンテンツスキャンとバリデーションの説明を明確化

* **docs:** プラグインの served_version_pinned と updated_at の説明を明確化

* **docs:** 使用量・コストレポートの例と ending_at ドキュメントを修正

* **docs:** レート制限のモデル一覧は組織とワークスペースによって異なることを明記